Depois de uma tragédia ocorrer em sua nova casa, Daniel escuta um pedido de socorro sinistro e pede a ajuda de um famoso especialista em paranormalidade.
Um soldado do século 15, um estudante universitário do século 19 e uma enfermeira da atualidade juntam-se ao secreto 'Departamento do Tempo', um departamento secreto do governo espanhol com a capacidade de viajar no tempo. Sua missão é evitar mudanças na história.
Diego de la Vega volta à Califórnia para vingar o assassinato de seu pai. Após ser eleito como o Zorro, começa uma luta contra Nah-lin, uma indígena convencida de que ele roubou seu legado. Além disso, Diego enfrentará o Governador, o perverso líder da comunidade chinesa e uma sociedade secreta enquanto aprende a colocar o bem comum acima do seu, ainda que tenha que sacrificar seu amor por Lolita.