Dois anos após os acontecimentos no Galaxy Express 999, a terra tornou-se um campo de batalha. Tetsuro, mais velho e lutando contra o povo máquina, reingressa Maetel a bordo do GE999.
Joe e sua equipe Crusher recebem uma importante missão: Transportar um corpo em estado criogênico para o Planeta Miccola em menos de 30 horas, em uma questão de vida ou morte. No entanto, vários obstáculos e reviravoltas atravessam seu caminho...
Harlock é o herói arquétipo romântico, um pirata do espaço com uma filosofia individualista de vida. Ele é tão nobre como ele é calado, rebelde, estoicamente lutando contra os regimes totalitários, sejam eles nascidos da terra ou estrangeiro.
Em um belo dia, chega de forma inesperada uma nave espacial na terra. Os alienígenas que chegaram nessa nave vieram para conquistar a terra, mas para evitar uma guerra foi feito um acordo. Uma competição entre um terrestre escolhido de forma aleatória e um alienígena escolhido por eles mesmos. O terrestre escolhido é Ataru Moroboshi, e a competição escolhida é um tipo de Pega-Pega. O único problema é que a alienígena Lum, pode voar e Ataru não contava com esse empecilho. No final Ataru consegue pegar Lum, graças a sua namorada, mas por um mau entendido Lum acredita que Ataru fez uma promessa para se casar com ela. Nesse momento Ataru se vê em meio uma grande confusão.