O maléfico Makoto Shishio tenta derrubar o governo Meji. Kenshin Himura não tem outra escolha a não ser sacar a espada mais uma vez (apesar de ter prometido não fazê-lo) e lutar pela paz no Japão.
Makoto Shishio parte em seu navio para Kyoto a fim de derrubar o governo Meiji. Para evitar que o caos retorne ao Japão, o ex-assassino que se tornou protetor do país, Kenshin Himura, decide treinar com seu antigo mestre para aprender a sua técnica final.
Hisashi e Mai são um casal feliz em seus 20 anos que estão noivos e se casarão em breve. Mas três meses antes do casamento, Mai fica gravemente doente. Seu coração para momentaneamente, e ela cai em um coma profundo. Hisashi visita Mai no hospital todos os dias antes do trabalho. Sem ideia se ou quando ela acordará, os pais de Mai incentivam Hisashi a encontrar outra pessoa, mas ele se recusa a desistir e continua a rezar por sua recuperação. Como se as suas orações fossem respondidas, Mai começa a recuperar a consciência vários anos depois, e até mesmo pronunciar algumas palavras. Mas, tragicamente, sofreu dano cerebral e não tem memória de Hisashi.
Um gamer e dois amigos são transportados para uma versão paralela de Tóquio, onde precisam participar de diversos jogos mortais caso queiram sobreviver.
O mangaká novato Fujinuma Satoru é obstruído pelo seu medo de se expressar. No entanto, ele possui um talento sobrenatural de ser forçado a evitar mortes e catástrofes ao ser enviado de volta no tempo antes da ocorrência do acidente, se repetindo até que o acidente seja impedido. Um dia, ele se envolve em um acidente que ele mesmo é enquadrado como um assassino. Desesperado para salvar a vítima, ele volta no tempo só para encontrar a si mesmo como um aluno do primário, um mês antes de sua colega de classe Hinadzuki Kayo desaparecer. Satoru agora embarca em uma nova missão: salvar Kayo e resolver o mistério por trás do seu desaparecimento.