Dois irmãos descobrem que seu avô biológico era um piloto kamikaze que morreu durante a Segunda Guerra Mundial. Durante a pesquisa sobre sua vida, eles recebem relatos conflitantes de seus ex-companheiros sobre seu caráter e como ele se juntou ao seu esquadrão.
A história se passa em um mundo em que seres extraterrestres chamados parasitas invadem a Terra. Eles se apoderam dos humanos entrando pelas cavidades corporais, com a finalidade de controlar o corpo da vítima. A história se desenrola quando um extraterrestre chamado Migi falha em se apoderar do corpo de Shinichi Izumi, fazendo com que os dois sejam obrigados a conviver juntos.
Um assassino misterioso que possui uma espada amaldiçoada assombra as ruas de Edo. Tetsuko e Tetsuya são dois irmãos ferreiros especializados em forjar espadas, e assustados com os assassinatos que estão ocorrendo em Edo, decidem contratar o Yorozuya para investigar quem é o assassino. No entanto, Tetsuya avisa a Gintoki que o assassino possui uma espada poderosa chamada Benizakura e que tem ligação com o Kiheitai. Então, Gintoki caça o misterioso assassino.
Ichiko vive com os pais e raramente sai de casa. Entretanto é forçada a mudar de comportamento quando sua irmã mais nova se divorcia e volta para a casa dos pais. As brigas entre as irmãs acabam por fazer Ichiko ir morar sozinha. Em sua nova vida, o que traz felicidade a Ichiko é observar um boxeador de meia idade praticar num ginásio que fica entre sua casa e seu trabalho, uma loja de 100 ienes.