Dois anos após os acontecimentos no Galaxy Express 999, a terra tornou-se um campo de batalha. Tetsuro, mais velho e lutando contra o povo máquina, reingressa Maetel a bordo do GE999.
Durante décadas, o Império Galáctico trava uma guerra interestelar com a Aliança de Planetas Livres, um conflito que envolve milhares de naves espaciais e milhões de soldados de ambos os lados. Dois novos comandantes entram no conflito com grandes esperanças: Almirante Imperial Reinhard von Lohengramm e Yang Wen-Li da Aliança de Planetas Livres. Como eles lidam com seus superiores e subalternos, através de manobra regime político complicado, enredo estratégico, ganhar batalhas, cada um será testado e, em última instância, mudados, pela realidade da guerra.
Uma continuação dos eventos de Final Fantasy V. 200 anos depois que Bartz e seus amigos salvaram dois mundos da ameaça de ExDeath, surge uma ameaça e busca levar os Cristais para si. Linaly, descendente de Bartz, e sua amiga Prettz viajam até o Templo do Vento para buscar a fonte desse novo perigo.