Dois anos após os acontecimentos no Galaxy Express 999, a terra tornou-se um campo de batalha. Tetsuro, mais velho e lutando contra o povo máquina, reingressa Maetel a bordo do GE999.
Durante décadas, o Império Galáctico trava uma guerra interestelar com a Aliança de Planetas Livres, um conflito que envolve milhares de naves espaciais e milhões de soldados de ambos os lados. Dois novos comandantes entram no conflito com grandes esperanças: Almirante Imperial Reinhard von Lohengramm e Yang Wen-Li da Aliança de Planetas Livres. Como eles lidam com seus superiores e subalternos, através de manobra regime político complicado, enredo estratégico, ganhar batalhas, cada um será testado e, em última instância, mudados, pela realidade da guerra.