No Japão dominado por duas potências, dois amigos decidem construir um avião para cumprir a promessa que fizeram a uma menina: Voar até uma torre enigmática.
Staz é o chefe vampiro de um território no mundo demoníaco, mas ele tem pouco interesse em sangue humano. Ele é mais interessado em cultura japonesa. Quando ele fica sabendo que Yanagi Fuyumi, uma garota japonesa, acidentalmente vai parar no mundo demoníaco, ele não perde a chance de conhecê-la. Porém, enquanto Staz lida com um intruso no seu território, a Fuyumi é devorada por um monstro e se transforma em um fantasma. Desapontado, Staz jura para ela que descobrirá um jeito de trazer Fuyumi de volta à vida.
Henrietta era uma menininha como tantas outras, até o dia em que foi deixada para morrer após ter testemunhado o brutal assassinato da sua família. Terrivelmente traumatizada e sem vontade de viver, permaneceu no hospital em coma até que uma corporação decidiu usá-la para um de seus projetos secretos. Após ter-se submetido a um tipo de lavagem cerebral e ter muito de seu corpo substituído por implantes cibernéticos, Henrietta não tem nenhuma recordação de seu passado e começa sua nova vida como uma assassina, trabalhando para um grupo secreto anti-terrorismo.
Nitori Shuuichi é um garoto de 10 anos que deseja se tornar uma garota e gosta de andar vestido de mulher. Sua amiga, Takatsuki Yoshino, deseja se tornar um garoto e gosta de andar vestida de homem. Os dois compartilham este segredo e passeiam juntos vestidos de roupa do sexo inverso. Com o passar do tempo, começa a ficar mais difícil para eles se travestirem secretamente e começam a se preocupar por conta do desenvolvimento do corpo.
Dois estudantes diferentes, um aluno exemplar, porém introvertido, e um rebelde delinquente, mas com um bom coração, constroem uma amizade através do seu amor pela música.
A história original passa-se em Heavenly Host, uma escola primária que foi demolida após os assassinatos e desaparecimentos de diversos alunos e funcionários. Uma noite, um grupo de estudantes da Academia Kisaragi, que mais tarde fora construída no mesmo local onde Heavenly Host existia, reúnem-se para se despedir de uma colega que iria ser transferida no dia seguinte. Subitamente, um terremoto transporta-os para uma dimensão alternativa onde Heavenly Host ainda existe e na qual residem os espíritos das crianças assassinadas. E os estudantes da Academia Kisaragi tentam encontrar o caminho de volta e procuram sobreviver às forças obscuras que assombram a escola.