No Japão dominado por duas potências, dois amigos decidem construir um avião para cumprir a promessa que fizeram a uma menina: Voar até uma torre enigmática.
Contada em três segmentos interligados, entre o início dos anos 1990 e 2007, um jovem chamado Takaki Tono e sua melhor amiga Akari Shinohara moram em Tóquio. Devido à mudanças no trabalho de seu pai, Akari acaba se transferindo de cidade com sua família, mas os dois lutam para manter um contato através de cartas. Seus desencontros são constantes e os dois acabam se afastando com o tempo, deixando apenas as memórias de momentos juntos. Novas pessoas surgem em suas vidas, mas Takaki não esquece de Akari, que mesmo com o tempo passado, tem a esperança de encontrá-la novamente.
Nao, um estudante da 8ª série, é um dos únicos membros de um Digital Camera Club, onde também atua como gerente. É um mistério que ela não dispara senão os céus e as nuvens. Um dia, ela encontra um gato em um telhado onde ela geralmente dispara na câmera. É um gato que sabe manipular o fluxo de um vento. Chocado para encontrar um animal estranho, Nao perde o pé e cai da cobertura!
Miki é o outro membro do clube, e também o melhor amigo de Nao. O Sr. Taiki é o professor que ensinou o gato a manipular o fluxo de um vento. Ryoko é uma menina que tem uma grande paixão pelo Sr. Taiki. E jun, que ajuda Nao e Miki a procurar um gato que possa voar. Então, há Yukio, que é a viúva do irmão falecido do Sr. Taiki.
Nos arredores desta grande cidade, uma cidade fora do "Wind Handlers", foi formada – e um misterioso Festival do Vento está prestes a começar …