Num mundo pós-apocalíptico, estranho e estéril, uma menina passa seus dias vagando pelas sombras, coletando água em frascos e protegendo um grande ovo. Um homem, carregando uma espécie de arma em forma de cruz, cruza seu caminho e fica curioso em relação ao ovo. Ambos começam a viajar juntos.
Major Motoko Kusanagi, uma ciborgue do Setor de Segurança Pública 9, recebe a missão de capturar um hacker que está dominando a mente de humanos aperfeiçoados por computador. Mas ela acaba se envolvendo em uma trama de conspirações, que atinge interesses da alta cópula da política.
Em um mundo alternativo, mas misteriosamente similar ao nosso, o Japão perdeu a 2.º Guerra Mundial… não aos americanos, mas para a Alemanha nazista. O país então caiu num estado de pobreza e de abandono. A população tornou agitada e a policia se tornou uma força política fascista. A maior ameaça ao governo é um grupo terrorista chamado “A Seita”. Para combater estes terroristas é criado uma divisão especial com unidades blindadas. Um homem desta divisão especial, Fuse Kazuki, é posto em uma situação em que ou mata uma jovem ou é morto. A decisão tomada afetará cada aspecto de sua vida a partir de então.
O filme apresenta a história de uma jovem garota chamada Saya, que armada com uma espada japonesa é enviada por uma “organização” misteriosa para caçar vampiros, que se escondem entre os habitantes da Base da Força Aérea Norte Americana, de Yokota – uma pequena enclave americana à 30 km de Tóquio.
No ano 2032, Bato, um ciborgue detetive da unidade antiterrorista da segurança pública Seção 9, investiga o caso de um robô feminino criado exclusivamente para o prazer sexual que matou seu dono.
Pessoas amam máquinas em 2029 d.c.
"Quem é você? Quem desliza em meu corpo do robô e sussurra para o meu fantasma?" A Seção 9 é uma agência do governo altamente secreta que trata de cyber-terrorismo e outros crimes relacionados. Kusanagi Motoko é uma importante oficial desta agência, e a ela é atribuido o caso do "Mestre das Marionetes"; um hacker de alta periculosidade que começa a roubar informações secretas do governo ao hackear o "ghost" de suas vítimas.
Em uma realidade alternativa alguns meninos chamados kildren são geneticamente modificados e se destinam a viver em uma eterna adolescência, nunca envelhecendo. Os Kildren estão cientes de que todos os dias podem ser seus últimos dias: seus papéis são os de peões de um jogo de guerra organizado por adultos.
Em um mundo onde soldados clones de três tribos militares estão envolvidos em uma batalha perpétua do ar, da terra e da tecnologia, um clone, Khara, é separado da batalha e encontra-se em fuga com um grupo de companheiros improváveis, e ao procurar saber mais sobre a sua existência conjunta, os fugitivos encontram uma verdade implacável e a maior batalha de suas vidas.
Em 2029, o esquadrão de elite da polícia Illang combate um grupo terrorista que luta contra a reunificação das duas Coreias. Mas outro inimigo pode estar à espreita.
Num futuro não muito distante, "Avalon" é um viciante jogo de realidade virtual que oferece generosas recompensas financeiras, bem como uma tentadora e arriscada fuga à realidade esbatida do dia-a-dia.
Uma unidade da polícia japonesa que usa robôs antropomórficos gigantes (chamados Labors) está envolvida em uma disputa política entre as autoridades civis e militares quando um ato terrorista é atribuído a um jato da Força Aérea. Com a ajuda de um agente do governo, a equipe se aproxima de um líder terrorista para impedir que as coisas saiam do controle quando os militares são forçados a impor a lei marcial.
Um suicídio misterioso e uma série de fugas de robôs não tripulados provocam uma investigação da polícia sobre o suspeito software a bordo de milhares de robôs industriais em torno de Tóquio.