Makoto Tsumura

Os Tamers estão em férias de verão e estão separados. Takato visita o seu primo Kai em Okinawa com o Guilmon, Henry investiga ruínas subaquáticas em Yonaguni com Terriermon e Rika fica para trás com Renamon para defender a sua cidade de Digimon invasores. Um Digimon maligno conhecido como Mephismon aparece e começa um plano que envolve a mania do novo animal de estimação digital conhecido como V-Pet para desativar as comunicações em todo o mundo e permitir que os Digimon atravessem livremente para o mundo real.

A história se passa no oeste de Shinjuku, em Tóquio, onde Digimons são popularmente conhecidos através de jogos de cartas, videogames e séries de TV. O personagem principal é Takato Matsuda, um garoto de 10 anos que tem uma vida normal e é fanático por jogo de cartas de Digimon. Tudo começa quando ele encontra em meio a suas cartas de Digimon, um misterioso cartão azul que se transforma no seu digivice D-Ark, um aparelho arredondado com um leitor de cartas ao lado. Quando Takato passa no leitor desse digivice o desenho do Digimon que ele criou, nasce Guilmon, um Digimon feito das informações do desenho de Takato. Até então, Takato nunca imaginou que Digimons poderiam existir, é como se ele estivesse vivendo uma fantasia. Ele nem imagina que existem outros Digimons vivendo nesse mundo, até que conhece Jenrya Lee e Ruki Makino. E assim, damos início a aventura destes pequenos garotos sonhadores.

Numa simples cidade na costa do Mar do Interior do Japão, pessoas vivem pacificamente junto ao Kami local, Mononoke e outras entidades. Um dia, durante o almoço, a ginasial Hitotsubashi Yurie repentinamente fala para sua amiga que ela se tornou um Kami. Isso fez com que a filha mais velha do templo local anunciasse imediatamente sua nova "melhor amizade" para Yurie, e que elas seriam parceiras nos negócios! Essa é a história do não tão comum cotidiano de Yurie e suas amigas tentando compreender exatamente que tipo de Kami ela é. Mas Yurie também possui outro problema: não consegue fazer com que o garoto que ela gosta note ela!

Satsuki Miyanoshita se muda com seu pai e seu irmão para a cidade natal da sua falecida mãe. No seu primeiro dia na escola, Satsuki vai até a escola abandonada que foi construída perto da sua escola atual e descobre que aquele edifício é assombrado. Assim, logo descobre que sua mãe foi responsável por selar vários fantasmas que assombravam não só a escola, mas também toda a cidade, mas que eles foram libertados devido a urbanização que ocorreu naquele lugar. Então, temendo que isso acontecesse, a mãe de Satsuki deixou um livro detalhado de como exorcizar os fantasmas de uma vez por todas. Em seu primeiro confronto, Satsuki enfrenta um demônio chamado Amanojaku, que acaba sendo selado no seu gato de estimação, Kaya. Embora Amanojaku não queira ajudar Satsuki de imediato, o perigo começa a evolver a cidade e está nas mãos de Satsuki, de seus amigos e Amanojaku parar os fantasmas.

Uma série de ataques vem amedrontando as pessoas e o autor destes ataques é chamado de "Shounen Bat". Sua primeira vítima é uma tímida e jovem design chamada Tsukiko Sagi. Dois detetives estão determinados a encontrar o responsável e assim impedir novos ataques, mas isso não é tão fácil quanto parece e eles encontram uma série de dificuldades e peculiariedades no caso.