Durante uma excursão escolar à torre de Tóquio, três estudantes: Hikaru Shidou, Umi Ryuzaki e Fuu Hououji são convocadas pela Princesa Esmeralde para salvarem Zephir. Ao chegarem lá são recebidas pelo Guru Clef. Clef conta tudo sobre aquele mundo mágico, e que Princesa Emeralde havia sido raptada pelo sumo-sacerdote Zagard. As três garotas, foram convocadas para se tornarem Guerreiras Mágicas de Zephir. Para conseguir isso, Clef deu a cada uma delas uma armadura que evolui conforme seu desempenho e poderes diferentes: Hikaru-Fogo, Umi-Água e Fuu-Vento. Para se tornarem Guerreiras Mágicas, elas precisavam de encontrar Priscila, a ferreira de Cephiro. Priscila fez para cada uma delas espadas feitas de um mineral lendário chamado Escudo, o único mineral que faz espadas que evoluem e logo após faze-las é morta por um monstro de Askot. Depois de receberem as espadas feitas por Priscila, Hikaru, Umi e Fuu foram atrás de seus respectivos Espíritos, Rayearth, Selece e Windam, com a ajuda de Mokona, que indicava-lhes o caminho. Na procura dos Espíritos enfrentaram muitos inimigos como Askot: um pequeno feiticeiro, mas com grandes poderes, Caldina: uma incrível dançarina ilusionista louca por dinheiro e Rafaga: o capitão da guarda que protegia a Princesa Esmeralde, mas que foi hipnotizado por Zagard.
Marmalade Boy conta o dia-a-dia de Miki Koishikawa, uma menina muito energética e simpática. A história começa com os pais de Miki anunciando seu divórcio, com um sorriso, e dizendo que pretendem trocar de casais e casar-se novamente com os Matsuura, um casal que conheceram no Havaí. Para completar, os Matsuura possuem um filho da mesma idade de Miki, Yuu, que é muito bonito e popular. E os seis irão morar na mesma casa, para desespero de Miki. Ginta, um amigo de Miki, e antigo amor, sente-se muito enciumado com a chegada de You, e acaba se tornando um triângulo amoroso. Miki fica muito confusa, e sempre desabafa com sua melhor amiga, Meiko, que é bastante madura. Muitos outros personagens importantes irão aparecer no decorrer da história, que é cheia de triângulos amorosos, mas todos acabam se tornando grandes amigos. É uma história sobre romance, confusões adolescentes e problemas familiares.