Tamaki Nakanishi

No século 22, jovens da ilha Tatsumiya vivem normalmente sem conhecer a verdadeira situação do resto do mundo e de seus habitantes, um mundo destruído em que sua população fora reduzida para menos de 2/3 de seu total. Festums, o nome dado aos inimigos, não são seres fáceis de se compreender, estão para além do humano. Através do fenômeno da assimilação, sua intenção é retornar toda existência ao estado primordial: o vácuo, o vazio, o nada, a não-existência. Esse foi o caminho que eles escolheram, mas a humanidade, assim como todo ser pode fazer, escolheu outro caminho: o estar aí (Anata wa soko ni imasuka?). Para se defender da força poderosa da Mir inimiga, os habitantes da ilha Tatsumiya desenvolveram sua própria Mir, em que crianças foram criadas para pilotar Fafners, robôs que somente elas, através dos elementos de Festums em seus genes, podem com eles se assimilar (tornar-se um) e pilotá-los.

Em seu aniversário de 16 anos, Tomokazu Mikuri teve um sonho realista, onde ele vê uma garota lutando contra uma monstruosidade gigante flutuante. Ao acordar, fica surpreso ao ver que a garota está dormindo ao lado dele ... Sempre que dorme a partir de agora, acaba voltando ao mundo dos sonhos, e cada vez mais pessoas que ele conhece vão aparecendo por lá também. Ele descobre por meio de uma misteriosa mulher mascarada no mundo dos sonhos chamada Silk que eles estão lutando contra um chamado Faydoom, e é ele quem fornece os poderes para essas garotas para que elas possam lutar contra esses monstros. E assim vai ...