Um misterioso assassino possuindo uma espada amaldiçoada assombra as ruas de Edo e Sakata Gintoki tem a missão de pará-lo. A história passa no arco Benizakura de Gintama.
Shidou Tatsuhiko é um detetive que vive no Japão, e que a maioria das pessoas desconhece o fato que é também um vampiro, que sofre de amnésia e não tem nenhuma memória de quando ainda era um ser humano. Com a ajuda da agente do governo Yayoi, da adolescente Riho e da pequena demônio verde chamada Guni, resolvem os casos que envolve especificamente os seres das trevas. Entretanto, Cain, o responsável em fazer de Shidou um vampiro, volta a surgir para tentar fazer que Shidou se entregue aos impulsos e desejos de um vampiro, e abandone de vez seu coração humano.
Uma noite logo antes das férias de verão, Daichi Manatsu, um aluno do segundo ano do ensino médio, vê um arco-íris estranho no céu acima da Ilha da Semente e vai verificar isso sozinho. Ele já viu esse arco-íris antes. Com as lembranças da morte misteriosa de seu pai e um encontro com um garoto e uma garota misteriosos, Daichi chega à ilha enquanto o alarma de um prédio chamado "Sistema da Terra" está desligando. Alguém pergunta a ele, "Você é um capitão?", logo antes de intrusos robóticos de Urano chamados "Kiltgang" aparecerem. A batalha entre as estrelas brilhantes está prestes a começar.