Naomi Shindo

A primeira parte do filme divido em duas partes. A história é uma recapitulação da série.

A segunda parte do filme. Continuação da série e do Filme 1.

A história acompanha Akihito Kanbara, segundo ano, que apesar de parecer humano, é metade yõmu e pode se curar rapidamente de feridas, tornando-se praticamente invulnerável. Um dia, Akihito encontra a caloura Mirai Kuriyama, quando ela parecia querer pular da cobertura da escola. Mirai é solitária por causa da abilidade que possui de manipular sangue,o que é considerado heresia mesmo entre as pessoas do mundo espiritual.Logo após que Akihito salva Mirai do suícido, terríveis eventos começam a acontecer aos dois.

A série se passa na "Cosmic Era" (Era Cósmica) e inicia a saga nesta era do universo Gundam. Tudo começa com a guerra de Bloody Valentine entre a Terra e as colônias. De um lado estava a Aliança Terrestre e do outro ZAFT representando, respectivamente, Terra e PLANT (colônias). Nesta era, a humanidade está dividida entre Naturais, humanos sem qualquer manipulação genética e os Coordinators, humanos alterados geneticamente para alcançar patamares mais altos de desempenho. O ódio entre alguns representantes de ambas as nações é enorme e, assim, uma nova guerra acontece.