Na história uma garota que iria realizar seu sonho de começar no emprego de bibliotecária acaba morta em um terremoto, soterrada por sua própria coleção de livros.Ela reencarna como filha de um soldado em outro mundo, onde não existem muitos livros. Impossibilitada de ler, ela não desiste de seus sonhos, decidindo ela mesmo criar livros. E então começa sua jornada para se tornar bibliotecária em um novo mundo.
Athena, a deusa da guerra, ressuscita em nosso mundo a cada centena de anos para derrotar existências malignas. Cavaleiros se juntam para protegê-la e lutar a seu lado contra as forças do mal. Mas até agora, uma história não havia sido contada. Ela possui uma guarda particular composta por guerreiras chamadas de "Saintias", que diferente das Amazonas não precisam abdicar do seu lado feminino. Durante os acontecimentos relacionados à Saga de Gêmeos no Santuário acontecem tentativas de reencarnar a deusa Éris em uma garota chamada Shoko.
Na primavera, Eba Yuzuki decidiu frequentar o colegial no interior. Quando a garota da cidade começa a viver de favor na casa de Kirishima Haruto, ele ficou bem irritado no começo, mas com o decorrer do verão e a aproximação do inverno, eles passaram a se entender maravilhosamente e ficaram muito próximos. Então Yuzuki teve de voltar para Tóquio, apesar de Haruto ter implorado para que ficasse. Algum tempo depois, Haruto decide ir para Tóquio para cursar o colegial e viver junto de sua irmã. O que um garoto do interior pode esperar agora vivendo na cidade grande com pessoas desconhecidas e infinitas possibilidades?
Kobato é uma doce menina , mas também extremamente angelical sobre o mundo ao seu redor. Ela tem uma "missão", que consiste em preencher uma misteriosa garrafa dela com o sofrimento a partir o coração das pessoas assim o seu desejo de ir um certo lugar que ela queira ir pode ser concedida. Sua única restrição parece ser que ela não pode se apaixonar por um garoto especial que ela vai trabalhar para ela e cujo coração irá sarar.