Após a morte de seu pai, que deixou uma carta que nunca foi além de um cumprimento, Momo se esforça para lidar com sua dor e culpa, e se encontra distanciada de sua mãe. Quando elas se mudam para uma nova casa em uma ilha remota no Mar Interior de Seto, Momo faz amizade com um menino e sua irmã mais nova perceptiva, um carteiro tímido e três yōkais patifes. Com a ajuda deles, Momo se prepara para mergulhar em sua nova vida na ilha.
Ichika Usami é uma secundarista no ensino médio que trabalha no café da sua família, a Patisseria KiraKira. Um dia, ela conhece uma fada cordeiro mimada, Pekorin, que lhe diz que monstros maus chamados Henteko tem roubado kirakiraru (brilho), a energia que reside dentro dos doces e sobremesas. Ichika então se torna pretty cure e, com quatro outras garotas, foram o Kira Kira Precure À La Mode para enfrentar os Henteko e proteger os doces.
Asanaga Shun é um aluno do ensino médio de 15 anos com uma personalidade otimista e brilhante. Certo dia, ele encontra um cristal misterioso no escritório do pai, que é um cientista e empreendedor. Quando toca nele, o mundo começa a se distorcer e ele é mandado para o mundo de Endra. Emilio, um príncipe do reino de Endra está chegando ao seu 16º aniversário e despreza o rei Delzain. Já que Emilio agora está na idade que pode herdar o trono, ele pega uma arma e tenta se vingar. No entanto, por ser muito fraco, Emilio é capturado por Delzain e posto na prisão. Quando ele está se lamentando, a parede de sua cela se distorce e Shun aparece de lá com dois objetivos: retornar para seu mundo e completar sua vingança. Que futuro aguarda os dois garotos tentando sobreviver em Endra, apesar de crescerem em mundos diferentes?