No Japão dominado por duas potências, dois amigos decidem construir um avião para cumprir a promessa que fizeram a uma menina: Voar até uma torre enigmática.
Contada em três segmentos interligados, entre o início dos anos 1990 e 2007, um jovem chamado Takaki Tono e sua melhor amiga Akari Shinohara moram em Tóquio. Devido à mudanças no trabalho de seu pai, Akari acaba se transferindo de cidade com sua família, mas os dois lutam para manter um contato através de cartas. Seus desencontros são constantes e os dois acabam se afastando com o tempo, deixando apenas as memórias de momentos juntos. Novas pessoas surgem em suas vidas, mas Takaki não esquece de Akari, que mesmo com o tempo passado, tem a esperança de encontrá-la novamente.
Takao, que está treinando para ser sapateiro, matou aula e está desenhando sapatos em um jardim. Ele conhece uma misteriosa mulher, Yukino, que é mais velha do que ele. Então, sem marcar os horários, os dois começam a se ver periodicamente, mas somente em dias chuvosos. Eles aprofundam sua relação e se abrem um para o outro, mas o fim da temporada de chuva logo se aproxima...
Asuna embarca em uma viagem até a terra dos mortos, Agartha, para encontrar seu pai e um jovem misterioso que salvou sua vida. A jornada promete ser difícil, já que entre o mundo dos vivos e dos mortos, há regras que devem ser respeitadas.