Dois anos após os acontecimentos no Galaxy Express 999, a terra tornou-se um campo de batalha. Tetsuro, mais velho e lutando contra o povo máquina, reingressa Maetel a bordo do GE999.
Em um universo de planetas desabitados, governos corruptos agem como sindicatos do crime e a Federação de Justiça das Galáxias Unidas bota a prêmio as cabeças dos bandidos mais perigosos. A maior recompensa vai para quem capturar Cobra, um golpista cujo braço esquerdo oculta uma devastadora arma. Considerado morto por dois anos, ele deixa seu retiro após conhecer a linda caçadora de recompensas Jane Flower – uma decisão que o coloca em conflito direto com uma organização criminosa.