Trinta anos após o surgimento de uma doença que transforma os infectados em insetos carnívoros, um jovem exterminador e uma adolescente procuram a mãe da garota.
Para ganhar as habilidades de que precisa para superar o pai, Baki entra na Prisão Estadual do Arizona e enfrenta um famoso detento conhecido como Sr. Indomável.
Próximo do fim do século XIX, Allen Walker se junta oficialmente à organização de Exorcistas que destrói os seres conhecidos como Akuma, armas mecânicas criadas pelo Conde do Milênio com as almas penadas dos mortos. Allen tem um olho amaldiçoado e uma arma anti-Akuma em seu braço, carregando o poder de "Innocence", um dom dado a ele como um apóstolo de Deus. Allen, junto de seus colegas exorcistas devem colocar um fim no plano final do Conde do Milênio que poderia levar à destruição do mundo e todos que nele vivem.