O anime conta a história de Kiyo de 16 anos que, depois de tentar, mas não conseguiu se tornar uma maiko (uma aprendiz de gueixa), aceita trabalhar como cozinheira em um chalé de maiko de Kyoto, onde residem as gueixas da cidade. Enquanto isso, sua amiga Suu se torna uma das maiko mais promissoras de seu grupo, enquanto Kiyo apoia a maiko preparando comida deliciosa. Assim, a história gira em torno dos pratos tradicionais japoneses que Kiyo prepara e, por meio deles, nos dá uma janela para a vida da maiko japonesa e sua cultura.
Na história, você acompanha uma escola de artes inspirada no estilo de ensino da prestigiada Takarazuka Revue, onde as alunas são divididas entre “atrizes masculinas” e “atrizes femininas”, sendo responsáveis por interpretar personagens do respectivo sexo. Ai Narada é uma ex-Idol que foi designada como atriz feminina, e acaba por conhecer Sarasa Watanabe, uma camponesa que recebeu a função de atriz masculina. Juntas as duas disputam os mais diferentes tipos de papéis, buscando se tornar uma grande atriz e ter o reconhecimento que querem.
Reiji Kirio é um trabalhador explorado, que rala o dia inteiro, todos os dias, sem folga. Certo dia, ao voltar caminhando do trabalho, ele se vê reencarnado em uma estranha floresta em outro mundo. Suas duas únicas habilidades - Avaliação e Invenção de Remédios - podem não parecer muito impressionantes, mas acabam se tornando extremamente úteis! Graças a elas, ele se torna capaz de produzir medicamentos que não existem no mundo, acumulando uma pequena fortuna do dia pra noite. Com isso, ele decide tocar uma farmácia própria e aproveitar melhor os pequenos momentos da vida.
Na Cidade dos Animais, onde humanos e animais vivem juntos, Iroha, que ama animais, é muito próxima de seu cachorro Komugi! Um dia, uma criatura misteriosa chamada GaruGaru fica furiosa em sua cidade. Para proteger Iroha, Komugi se transforma em um humano e até mesmo em uma Pretty Cure…!? Temos que proteger esses animais furiosos! Vamos unir forças e devolver os animais ao Niko Garden!