Esse filme relembra a destruição do Dr. Gero pelas mãos dos Andróides nº 17 e 18 e como o misterioso computador despertou três novos andróides malignos. Os andróides foram programados para destruir Goku. Para encontrar os guerreiros Z, dois deles começam a destruir a cidade.
A história começa quando um novo DigiTama é encontrado na internet, e consegue penetrar em quase todos os sistemas de computador no Japão. Quando o ovo choca, é identificado como uma nova espécie de Digimon, um tipo de vírus. Sustenta-se pela ingestão de dados de diversos sistemas, e conforme consome mais e mais dados, ele continua a evoluir. Nesse momento, Taichi e Koushiro decidem que é hora de dar um jeito na situação.