A primeira adaptação animada da popular série de mangá, este piloto apresenta os personagens principais de "Lupin III" com montagens, apresentadas por meio de uma narrativa curta que ilustra uma típica fuga de gangue.
Gen e sua família vivem em Hiroshima, perto do final da Segunda Guerra Mundial. Enquanto o pai de Gen sofre com a ira e o desprezo dos militares e vizinhos por achar que é impossível uma vitória japonesa, sua família sofre com a escassez de alimentos. Mas nada disso terá qualquer importância diante da nova e terrível arma que o exército americano pretende lançar sobre o país.
Três anos se passaram após a detonação da bomba que os habitantes de Hiroshima apelidaram de "Pika", devido ao som que fez ao ser detonada. No meio do caos e destruição, Gen continua avançando um dia após o outro. Entre alegrias e tristezas, ele faz o seu melhor tentando cumprir sua promessa feita ao seu falecido pai.
Uma grande explosão fez com que Tóquio fosse destruída em 1988. Em seu lugar, foi construída Neo-Tóquio, que, em 2019, sofre com atentados terroristas por toda a cidade. Kaneda e Tetsuo são amigos que integram uma gangue de motoqueiros. Eles disputam rachas violentos com uma gangue rival, os Palhaços, até que um dia, Tetsuo encontra Takashi, uma estranha criança com poderes que fugiu do hospital onde era mantido como cobaia. Tetsuo é ferido no encontro e, antes de receber a ajuda dos amigos, é levado por integrantes do exército, liderados pelo coronel Shikishima. A partir de então, Tetsuo passa a desenvolver poderes inimagináveis, o que faz com que seja comparado ao lendário Akira, responsável pela explosão de 1988. Paralelamente, Kaneda se interessa por Kei, uma garota envolvida com espiões, que tenta decifrar o enigma por trás das cobaias controladas pelo exército.