Depois de anos sendo protegidos do mundo humano, os irmãos tartarugas saem para ganhar os corações dos nova yorkinos e serem aceitos como adolescentes normais através de seus atos heroicos. Sua nova amiga, April O’Neil, vai ajudá-los a derrotar um misterioso sindicado do crime, mas eles logo se veem em maus lençóis quando um exército de mutantes vai atrás deles.
Um grupo de adolescentes abrigados dos perigos do mundo pós-apocalíptico recebe uma mensagem que os inspira a deixar a segurança do único lar que já conheceram e embarcar em uma jornada pelo país para salvar seu pai.