Na história um garoto sem ambições na vida aceita um trabalho em uma loja de conveniência, onde acaba encontra sua estranha ex-namorada. A história acompanha o dia a dia e constantes encontros dos dois.
A Academia Imperial de Magia de Alzano está localizada no sul do Império Alzano, um dos maiores reinos mágicos, e é considerada uma das mais prestigiadas academias do mundo, onde estudantes podem aprender as formas mais elevadas de magia. Todos que desejam aprender magia sonham em estudar nessa academia, e tanto seus estudantes quanto seus professores têm orgulho de integrar sua história de 400 anos.
Glenn Radars é um novo instrutor que foi escolhido para dar aulas em meio-período nessa respeitada academia. As aulas nunca antes vistas desse vagabundo imprestável estão prestes a começar!
Yuta Hibiki desperta com amnésia e a capacidade de ver coisas que os outros não conseguem. Ele encontra pela primeira vez o Gridman no reflexo do computador de sua amiga, Rikka Takarada, que diz a ele "Lembre-se de seu chamado", mas Yuta não entende o que isso significa. Mais tarde, ao longe, ele vê um monstro gigantesco que não se move. Só quando Yuta chega à escola é que os dois avistamentos fazem sentido: um monstro ataca e a imagem que Yuta viu no monitor o puxa para dentro do computador e o transforma em um herói gigante chamado Gridman.
Uma academia de animais onde convivem seres de várias espécies. Seu nome é Academia Seton. Nela, os animais lutam todo dia por sua sobrevivência. Entre os estudantes estão Jin Majima, que odeia animais, e a loba solitária Ranka Oogami. O destino vai reunir estes dois e dar início a uma vida escolar muito atribulada!
Shinomiya Kyouya é forçado a fazer parte do GJ, um clube não identificado que reside numa sala de uma certa escola. Nela ele encontra Mao, uma garota baixa mas com língua afiada; a irmã mais nova de Mao, Megumi, que é bipolar; Shion, uma menina genial mas sem noção nenhuma e Kirara, uma garota que está sempre com fome. O tempo voa junto com esse pessoal.
Matsugorou Sawamura é um lendário tocador de shamisen. Após sua morte, seu neto Yuki Sawamura perde a capacidade de tocar o instrumento. Desprovido de seu querido som, Yuki vai parar em Tóquio, em busca de um novo som para amar. Yuna Tachimura, que trabalha em um clube, arranja um bico para ele tocar como abertura para outras bandas. Depositando no shamisen seus vários sentimentos e pensamentos, Yuki segue em busca de seu próprio som e seu próprio coração.
O objetivo de Yume Nijino é se tornar uma grande idol, por isso ela se matricula na Academia das Quatro Estrelas (Yotsusei Gakuen). Essa escola tem um grupo especial chamado de S4, que são as 4 maiores idols ativas na escola. Yume e outras primeiro-anistas sonham em se tornar parte do S4.
A história acompanha um garoto que sentia que vivia uma mentira todos os dias, mesmo que tivesse uma vida social boa. Certo dia ele acaba vendo uma pintura feita por uma das veteranas da sua escola, e acaba sendo tocado pela arte dela, mudando sua vida por completo e descobrindo que o mundo das artes vai muito além de desenhar.
Reunidos por uma canção misteriosa, um estudante e um engenheiro lideram a luta contra uma força inimaginável que pode significar a destruição do mundo.