O jovem Yuta Okkotsu ganha o controle de um espírito extremamente poderoso, então um grupo de feiticeiros o matriculam na Tokyo Prefectural Jujutsu High School, para ajudá-lo a controlar esse poder e também para ficar de olho nele.
No ano de 2063, viajar pelo espaço tornou-se comum. Oito alunos do Colégio Caird, juntamente com uma criança, partiram para um acampamento escolar em um planeta próximo. No entanto, os alunos são misteriosamente transportados a 5.012 anos-luz de distância de casa, sem meios de pedir ajuda. A bordo de uma espaçonave abandonada que chamam de Astra, esses nove estudantes lentamente tentam voltar e descobrir por que eles foram transportados.
Desde a antiguidade, as sacerdotisas que carregam espadas têm exorcizado "Aratamas", estranhos seres que ameaçam o mundo humano. Essas jovens que usam uniformes escolares e espada são chamadas de "Toji" e servem como uma unidade oficial dentro da força policial como "esquadrão especial da polícia de serviço religioso". O governo autoriza as Toji a usar espadas e servir como funcionárias do governo, e o governo criou cinco escolas em todo o país para que as meninas sejam treinadas. Na primavera, as cinco escolas enviam suas melhores Tojis para competirem em um torneio. À medida que o torneio se aproxima, todas as representantes treinam rigorosamente para se fortalecer e melhorar suas habilidades.
A história do anime se passa em um mundo de fantasia onde um jogo social chamado de "Mahou Shoujo Ikusei Keikaku" permite que dezenas de milhares de pessoas se tornem "garotas mágicas" detentoras de extraordinárias capacidades físicas e aparência, bem como poderes mágicos especiais que as distinguem do resto da raça humana. Mas um dia, em um distrito com 16 garotas mágicas, a administração anuncia que deve reduzir pela metade o número de garotas para resolver um problema de escassez de energia mágica. No início, as 16 meninas disputam para conseguir recolher mais "doces mágicos" que suas concorrentes, porém rapidamente a competição se torna uma batalha mortal pela sobrevivência entre elas.
Na história, você acompanha uma escola de artes inspirada no estilo de ensino da prestigiada Takarazuka Revue, onde as alunas são divididas entre “atrizes masculinas” e “atrizes femininas”, sendo responsáveis por interpretar personagens do respectivo sexo. Ai Narada é uma ex-Idol que foi designada como atriz feminina, e acaba por conhecer Sarasa Watanabe, uma camponesa que recebeu a função de atriz masculina. Juntas as duas disputam os mais diferentes tipos de papéis, buscando se tornar uma grande atriz e ter o reconhecimento que querem.