Munique, 1955. A estrela de cinema Veronika Voss torna-se uma toxicodependente à mercê da corrupta Dra. Marianne Katz. Depois de conhecer Robert Krohn, ela sonha com um regresso ao estrelato. Quanto mais o relacionamento se intensifica, mais ela toma consciência do quanto o vício a debilitou.
Brian Sweeney Fitzgerald, Fitzcarraldo, fã do tenor italiano Enrico Caruso, sonha em construir uma casa de ópera na remota cidade de Iquitos, no alto Amazonas.
Em 1561 o conquistador espanhol Gonzalo Pizarro parte em uma expedição pelos Andes buscando a lendária cidade de El Dorado, uma lenda contada aos espanhóis pelos índios. Uma expedição de dezenas de pessoas cruzou as montanhas do Peru, e percebendo o cansaço dos soldados e escravos, Pizarro designou um pequeno grupo para explorar a região, nomeando dois nobres como líderes. Conforme buscam El Dorado, a ambição começa a crescer em Lope de Aguirre que trai o companheiro e toma o controle do grupo para si. Em meio às intrigas, nenhum deles contava que a natureza seria o seu inimigo mais poderoso.