A história acontece na Europa do século 19, e desenrola-se em volta de John Watson. Ele é observado pelo governo para se tornar um agente secreto, no entanto, Watson vive num mundo onde cadáveres humanos Frankensteins são reutilizados com uma alma falsa, para servirem como trabalhadores e melhorar o desenvolvimento industrial.
Fuu, uma jovem de 15 anos, quer encontrar "o samurai com cheiro de girassóis" e tudo o que sabe a respeito dele, além disso, é que ele habita a outra extremidade do Japão e, no seu caminho, cruza com Mugen, um vagabundo de 20 anos, e Jin, um rônin de 20 anos, que deverão segui-la devido à uma aposta estupidamente perdida.
Em Hokkaido, nas terras do norte do Japão, Sugimoto sobreviveu à guerra russo-japonesa da era Meiji. Apelidado de "Sugimoto, o Imortal" durante a guerra, ele agora busca as riquezas prometidas pela corrida do ouro, na esperança de salvar a esposa viúva de seu agora falecido companheiro de guerra. Durante sua caçada, ele encontra indícios de um esconderijo de ouro de criminosos corruptos. Em parceria com uma garota Ainu que salva sua vida do severo clima do norte, eles embarcam em uma aventura de sobrevivência, numa corrida contra os criminosos que também buscam o ouro.
Expulso do orfanato e prestes a morrer de fome, Atsushi Nakajima conhece alguns homens bastante estranhos. Um deles, Osamu Dazai, é um suicida tentando se afogar em plena luz do dia. Outro, chamado Doppo Kunikida, fica parado, folheando nervosamente seu bloco de anotações. Ambos são membros da Agência de Detetives Armados, e se dizem responsáveis por solucionar casos que nem a polícia e o exército ousam tocar. Atsushi acaba acompanhando-os em uma missão para eliminar um tigre comedor de gente que está aterrorizando a população...
A história acompanha um príncipe de um pais pequeno e fraco, que tem como objetivo vender o reino para poder se ver livre das suas responsabilidade e viver em paz. Entretanto, seu maior inimigo para realizar esse plano acaba sendo ele mesmo, já que, graças a sua genialidade, acaba sempre realizando grandes feitos, e ganhando ainda mais apoio de seus súditos, tornando impossível abandonar o país.
Em algum lugar no vasto mar da Internet, existe um site que só pode ser acessado ao badalar da meia-noite. Conhecido como Jigoku Tsushin, rumores indicam que se você postar qualquer ressentimento ou rancor lá, a Jigoku Shoujo aparece e arrasta qualquer pessoa que esteja lhe atormentando para as profundezas do inferno. Muito pouco é conhecido à respeito dessa garota - tudo que sabemos com certeza, é que ela vive com sua igualmente enigmática avó, as três bonecas que a acompanham e servem a seus propósitos, e qualquer mensagem postada no Jigoku Tsushin a desperta, e faz com que ela se torne a "garota do inferno"
Tsutomu Senkawa é um garoto do ensino médio alto, que está ocupado a estudar para os exames de admissão seniores. Tsutomu sai para tomar um ar fresco, depois de um dia duro de estudar para um grande teste, quando ele é executado em um cara fugindo de uma bela jovem. O homem perseguido é realmente uma interplanetária criminoso em fuga de um agente chamado Federação Birdy Cephon Altera. Presa em meio a esta perseguição, Tsutomu é jogado pelo homem no Birdy, que mata Tsutomu. Felizmente para Tsutomu, há uma maneira de mantê-lo vivo, mas ele vem com o preço de descartar seu corpo. Ele acaba incorporada corpo de Birdy
Vinda de um conto de fadas, a desajeitada, doce e gentil Ahiru (que em japonês significa “pato/pata”) demonstra ser uma improvável protagonista.
E, de fato, Ahiru é na realidade apenas uma criatura mágica assim como os gatos e crocodilos falantes que habitam sua cidade – E no caso, Ahiru é realmente uma pata transformada em humana por um misterioso homem, chamado Drosselmeyer. Com o desenrolar, Ahiru logo descobre as razões de sua existência. Usando seu pingente mágico, Ahiru é capaz de se transformar na Princess Tutu – uma linda e talentosa bailarina, cuja dança alivia os tormentos dos corações que a veem. Com sua recém-descoberta habilidade, Ahiru aceita o desafio de coletar os fragmentos do coração de seu príncipe, que ele despedaçou há muito tempo para selar um demoníaco corvo para sempre. Princess Tutu é um conto sobre heróis e suas batalhas contra o destino. Suas crenças, seus sentimentos e suas ações que irão determinar se esse conto irá ou não alcançar o status de “Felizes para Sempre”.
O ano é 2199. A raça humana foi esmagada em sua guerra com os Gamilos, levada às cidades subterrâneas pelo ataque do invasor. Os cientistas estimam que eles têm apenas um ano. Os jovens oficiais Susumu Kodai e Daisuke Shima recebem uma cápsula misteriosa de uma nave que fez um pouso de emergência em Marte e retornam com ela para a Terra. Ele contém a última esperança da humanidade: o planeta Iscandar do outro lado da Galáxia de Magalhães tem a tecnologia para derrotar os Gamilos e restaurar o planeta. O encouraçado espacial Yamato é encarregado dessa tarefa, mas eles têm apenas um ano antes que a humanidade termine.
Após uma onda de mortes misteriosas, a promotora de Crown Sarah Sinclair e o agente do SEC James Blood descobrem uma conspiração envolvendo estranhas máscaras biológicas.