Retro e Pandy, um casal de improváveis renegados, despertam nus na Terra sem lembrança de seu passado, mas com habilidades físicas superiores. Depois de envolverem-se em crimes para conseguir comida, roupas e transporte pelas ruas centrais de Tóquio, são capturados pelas autoridades e enviados a infame prisão chamada Dead Leaves. Juntos, orquestram uma fuga em massa da prisão e descobrem o trabalho secreto que está sendo realizado naquelas instalações.
Um franco-atirador tem como objetivo ou Shuichi Akai e atira Masumi Sera. O pânico nasce nos cidadãos de Tóquio porque ninguém sabe nada sobe o atirador misterioso.. Por que foi Masumi o alvo? Vai Shuichi sobreviver? Vai ser Conan capaz de descobrir o culpado?
Fuu, uma jovem de 15 anos, quer encontrar "o samurai com cheiro de girassóis" e tudo o que sabe a respeito dele, além disso, é que ele habita a outra extremidade do Japão e, no seu caminho, cruza com Mugen, um vagabundo de 20 anos, e Jin, um rônin de 20 anos, que deverão segui-la devido à uma aposta estupidamente perdida.
Durante uma excursão escolar à torre de Tóquio, três estudantes: Hikaru Shidou, Umi Ryuzaki e Fuu Hououji são convocadas pela Princesa Esmeralde para salvarem Zephir. Ao chegarem lá são recebidas pelo Guru Clef. Clef conta tudo sobre aquele mundo mágico, e que Princesa Emeralde havia sido raptada pelo sumo-sacerdote Zagard. As três garotas, foram convocadas para se tornarem Guerreiras Mágicas de Zephir. Para conseguir isso, Clef deu a cada uma delas uma armadura que evolui conforme seu desempenho e poderes diferentes: Hikaru-Fogo, Umi-Água e Fuu-Vento. Para se tornarem Guerreiras Mágicas, elas precisavam de encontrar Priscila, a ferreira de Cephiro. Priscila fez para cada uma delas espadas feitas de um mineral lendário chamado Escudo, o único mineral que faz espadas que evoluem e logo após faze-las é morta por um monstro de Askot. Depois de receberem as espadas feitas por Priscila, Hikaru, Umi e Fuu foram atrás de seus respectivos Espíritos, Rayearth, Selece e Windam, com a ajuda de Mokona, que indicava-lhes o caminho. Na procura dos Espíritos enfrentaram muitos inimigos como Askot: um pequeno feiticeiro, mas com grandes poderes, Caldina: uma incrível dançarina ilusionista louca por dinheiro e Rafaga: o capitão da guarda que protegia a Princesa Esmeralde, mas que foi hipnotizado por Zagard.
Hanamichi Sakuragi é um delinquente e líder de uma gangue. Sakuragi é muito impopular com as garotas, tendo sido rejeitado, surpreendentemente, cinquenta vezes. Ele está no primeiro ano do ensino médio da escola Shohoku. Ele conhece Haruko Akagi, à garota de seus sonhos, e fica muito feliz quando ela não o rejeita ou fica com medo dele como todas as outras garotas que ele pediu para sair. Haruko, reconhecendo o atletismo de Sakuragi, o introduz para o time de basquete de Shohoku. Sakuragi fica relutante em se juntar à equipe primeiramente, pois ele não tem experiência prévia no esporte e acha que o basquete é um jogo para perdedores. Sakuragi, apesar de sua extrema imaturidade e temperamento explosivo, revela-se um atleta natural e se junta à equipe, principalmente na esperança de impressionar e ficar mais perto de Haruko.
Simon é um cavador de túneis que vive em um povoado subterrâneo. Os antigos líderes do povoado contam histórias de ”coisas terríveis“ que existem na superfície e punem severamente aqueles que são contrários a essa filosofia. Um dos principais ”rebeldes“ dessa história é justamente Kamina, que vive tentando das formas mais inusitadas chegar até a superfície a fim de conhecê-la, especialmente depois que seus pais morreram em um dos terremotos que acontecem a todo o momento. Durante uma escavação, Simon encontra uma estranha mini-broca que brilha sozinha, e ele nem imagina para quê ela serve.
Keiichi Morisato está ansioso para a vida universitária. Mas, na realidade, ele não tem sorte em alguma coisa, e ele tem problemas com os clubes, amor, etc A verdade é que ele tem uma estrela azarado acima de sua cabeça. Um dia, Keiichi é preso assistindo o dormitório enquanto seus sempai estiver longe, e tem um monte de tarefas a fazer para arrancar. Mas Keiichi é uma pessoa de boa índole, e se começou a fazer seus deveres. Como ele está prestes a terminar a sua tarefa final, ele faz um telefonema para seu sempai. Mas as palavras que vieram através do receptor são, 'Deusa Help Line. Pouco depois, uma bela deusa chamada Belldandy aparece na frente dele no espelho de seu quarto
Kain e Canal, sua companheira AI, são pessoas que fazem contratos de serviços para trabalhos que necessitam de suas habilidades especiais. Coisas como segurança armada, patrulha e capturar criminosos perigosos. Milly é uma detetive particular que quer ser a melhor em tudo. Quando os três ficam juntos, eles arrumam uma confusão atrás da outra, aos poucos descobrindo mais sobre um mistério ligado as lendárias Naves Perdidas de seu passado, fazendo com que eles fiquem cada vez mais perto de descobrir que uma coisa chamada Pesadelo nunca deveria ter sido descoberta...
Enno Ozuno, mestre de um templo Enno usava um demônio espirito guardião, Zenki, para derrotar a Deusa Demoníaca Karuma. Depois de derrotar Karuma, ele selou Zenki em um pilar até que ele seja preciso de novo.
Séculos depois, seu descendente, uma garota estudante chamada Chiaki Enno conseguiu livrar Zenki, que tomou a forma de uma criança. Ela usa o bracelete dela para o demônio se transformar de volta na poderosa criatura que derrotou Karuma, e junto a Zenki as semente de Karuma (que parecem olhos) começam a aparecer e transformar as pessoas em monstros e Zenki precisa de novo purificá-los.
Keiichi Morisato é um estudante universitário de aparência mirrada e que, de tempos em tempos, fica encarregado de vigiar a república de rapazes em que vive, enquanto seus amigos pirados saem para a curtição. Num destes dias, enquanto tentava encomendar um rango caprichado para matar a fome, Keiichi liga por engano para a Linha de Ajuda das Deusas, uma espécie de serviço celestial de auto-ajuda. Conversa vai, conversa vem, Keiichi acaba conhecendo a bela Belldandy, que se apresenta como Deusa e diz a Keiichi que ele tem direito a fazer um pedido. Imaginando se tratar de uma piada, Keiichi fala que gostaria de ter uma garota como Belldandy ao lado dele, o tempo todo... precisa dizer mais?
Em um futuro próximo, a cidade de Shijuku vem sofrendo com o aumento dos assassinatos, onde as vítimas perdem seus fluidos corporais. O culpado é conhecido por Ekou, que antes costumava ser Karas, o guardião da cidade, mas sem explicações lógicas, ele passou a vingar da raça humana e também assassinou o antigo Karas que tentava impedi-lo. Yurine é a administradora dos Karas e ela tem a difícil tarefa de escolher dentre eles aquele com capacidade de impedi-lo e proteger a cidade. Otoha é escolhido como novo Karas e inicia-se uma verdadeira caçada em busca de Ekou por toda a cidade. Ekou, também é procurado por Nue, um youkai que luta contra seus semelhantes que estão sob o comando de Ekou.
Tokyo 2040, diferentemente do Bubblegum Crisis original, tinha 26 episódios e a história novamente era a luta das Knight Sabers contra os Boomers da corporação Genon. As Knight Sabers são mercenárias misteriosas que por isso nos primeiros episódios são mal vistas pelos policiais da AD Police, oficialmente encarregada dos casos que envolvem Boommers (assim, a relação entre as Knight Sabers e a AD Police lembra a relação entre Batman e a policia de Gothan).
Com o passar dos episódios, e aparecimento de Boomers mais fortes, os laços se estreitam e fica bastante evidente uma paixão entre um dos policiais da AD, Leon McNicole, e uma das Knight Sabers, Priscila ("Priss") Asagiri.
Uma raça de monstros canibais chamados de Shokujinki existe e é o trabalho dos Kifuuken, um grupo de caçadores de monstro de elite, pará-los. Toshihiko Momota, um espadachin experiente e filho do Líder da organização Kifuuken, inesperadamente se apaixona a primeira vista com uma bela garota chamada Yuka. Porém, a relação deste casal é muito mais complicada do que parece, pois Yuka é um Shokujinki.