Momomiya Ichigo é uma garota normal de 13 anos, até que, num passeio a um museu, recebe um DNA de um gato selvagem da montanha (gato de Iriomote). A partir desse dia, foi obrigada a ser uma heroína, já que para voltar a normal, deve acabar com as Chimeras que querem roubar nosso planeta. Porém, não é só ela que está nessa história: Há mais 4 garotas, que vão surgindo ao passar do tempo, também ganhando um DNA de um animal em extinção, para salvar nosso planeta. Após a equipe Mew Mew juntar-se, começa uma busca atrás da Aqua Azul. Aliens e Mew Mews buscam desesperadamente esta pedra, que contará uma vantagem devastadora sobre os outros. Mas como pegá-la e usá-la? É isso que as heroínas terão que descobrir - antes que seja tarde demais.
Watanuki Kimihiro, é um jovem estudante que tem o dom de ver e atrair fantasmas e espíritos. Um dia, ao ser atacado por uma ayakashi, acaba entrando em uma loja. A dona do lugar é Ichihara Yuuko, uma mulher que diz que o fato dele ter entrado lá não foi coincidência. Aquela é uma loja onde se realiza desejos, e ele tinha um. Porém para que seja concedido, é necessário pagar um preço equivalente. Watanuki então, deseja não ver mais os espíritos, e para poder pagar o preço, "aceita" a oferta de Yuuko para trabalhar em sua loja. A partir desse momento, sua vida muda completamente, pois Watanuki passa a se envolver nas histórias misteriosas dos clientes de Yuuko, e com ela aprende não só sobre as situações mágicas que o cercam, mas também sobre si mesmo.
Shiratori Kuu freqüentemente fantasia e sonha com seu príncipe, e espera conhecê-lo enquanto passa sua vida escolar. Um dia, um jovem rapaz, Ayanokoji Kyoshiro, transfere-se para sua turma, e estranhamente a lembra do príncipe que vê em seus sonhos. Kuu se empolga, mas logo descobre que as coisas não são como ela imaginara, Kyoshiro não era como em seus sonhos. Entretanto, depois de Kyoshiro salvar sua vida depois que ela se meteu em uma luta envolvendo criaturas mecânicas e mágicas que ela nunca vislumbrara antes, ela volta a apreciá-lo e assim um belo relacionamento entre dois jovens se inicia.