A primeira temporada de Stargate Universe é composta por 20 episódios. Brad Wright e Robert C. Cooper escreveram a série começando com o episódio em três partes "Ar", que foi originalmente planejado para ser em duas partes. As duas primeiras partes de "Ar" estreou no canal Syfy em 2 de outubro de 2009, com exibição regular semanal com início em 9 de outubro de 2009. "Fogo" era para ser originalmente o título para o episódio quatro, mas a história e roteiro era muito grande para ser capaz de caber em um episódio, então os produtores mudaram para torna-lo em duas partes chamada "Escuridão" e "Luz".
A ação da Operação Treadstone, o programa criado pela CIA que deu origem a espiões como Jason Bourne usando um protocolo de modificações comportamentais para criar "super assassinos": frios, calculistas, exímios lutadores e intelectuais.
A ameaça nazista na Europa dá início à Segunda Guerra Mundial. Sob o olhar de pessoas comuns, a série mostra os dilemas humanos por trás do início de um conflito histórico.
Contado através de três linhas do tempo, uma turma de agentes do FBI deve lidar com grandes mudanças à medida que o sistema de justiça criminal dos EUA é alterado por inteligência artificial.