A primeira temporada de Stargate Universe é composta por 20 episódios. Brad Wright e Robert C. Cooper escreveram a série começando com o episódio em três partes "Ar", que foi originalmente planejado para ser em duas partes. As duas primeiras partes de "Ar" estreou no canal Syfy em 2 de outubro de 2009, com exibição regular semanal com início em 9 de outubro de 2009. "Fogo" era para ser originalmente o título para o episódio quatro, mas a história e roteiro era muito grande para ser capaz de caber em um episódio, então os produtores mudaram para torna-lo em duas partes chamada "Escuridão" e "Luz".
A ação da Operação Treadstone, o programa criado pela CIA que deu origem a espiões como Jason Bourne usando um protocolo de modificações comportamentais para criar "super assassinos": frios, calculistas, exímios lutadores e intelectuais.
A ameaça nazista na Europa dá início à Segunda Guerra Mundial. Sob o olhar de pessoas comuns, a série mostra os dilemas humanos por trás do início de um conflito histórico.