Um franco-atirador tem como objetivo ou Shuichi Akai e atira Masumi Sera. O pânico nasce nos cidadãos de Tóquio porque ninguém sabe nada sobe o atirador misterioso.. Por que foi Masumi o alvo? Vai Shuichi sobreviver? Vai ser Conan capaz de descobrir o culpado?
No século XX, a humanidade soube da existência do Godzilla e, após diversas derrotas, fez um plano para sair da terra e habitar outro planeta. Porém, os cálculos estavam errados e após uma viagem de 20 anos, os humanos perceberam que o planeta escolhido não tinha condições para a vida. O protagonista da trama é Haruo, que viu seus pais serem mortos pelo Godzilla quando tinha 4 anos e agora só quer voltar para a Terra e derrotar o animal. Ao voltarem, no entanto, já se passaram 20.000 anos na Terra, que agora tem seu ecossistema controlado pelo Godzilla.
Hitomi, Rui e Ai são irmãs e ladras. Elas roubam um quadro de um museu ao mesmo tempo em que Lupin III aparece para roubar outro quadro. Os dois quadros fazem parte da série de Michael Heinz chamada “A Garota e as Flores”. Para as irmãs, os quadros são pistas para o paradeiro do pai desaparecido. Quando elas descobrem que o ladrão lendário está atrás do mesmo alvo, um fogo se acende dentro delas.