MacGyver retorna para uma nova aventura na Inglaterra,juntando-se a um arqueólogo excêntrico e a uma jovem estudante,em uma busca por toda a Europa pelo tesouro da lendária Atlântida.
Uma equipe militar de elite (SG-1) precisa voltar às pressas para a Terra quando dois de seus membros desaparecem inexplicavelmente. Mas acabam voltando ára um mundo no qual o Stargate - um portal estelar criado pelos Antigos e que permite viagens a centenas de planetas - nunca foi descoberto, e no qual a sua própria história nunca existiu. Agora eles têm que convencer um governo incrédulo que a linha do tempo foi alterada por um poderoso inimigo alienígena (Ba´al) que deseja conquistar a Terra. E precisam fazer isso depressa, pois o tempo não é seu aliado.
Um alienígena semelhante a Rá surge saindo do Stargate, mata cinco soldados e sequestra outro, um ano após a missão original do Stargate.
Uma nova equipe é montada, incluindo alguns membros antigos, e eles partem em busca do soldado desaparecido, para descobrir que Rá ainda pode estar vivo.
Enquanto isso, o alienígena Goa'uld sequestra Sha're e Skaara, implantando-os com simbiontes e tornando-os hospedeiros Goa'uld.
Angus MacGyver é um tipo de agente secreto pouco convencional. Ele é discreto, não anda por aí vestindo smoking e se recusa a carregar uma arma de fogo. Isso porque suas maiores armas são sua inteligência e um vasto conhecimento científico, que permite que ele se safe das situações mais complicadas com soluções nada comuns.