Dois anos após os acontecimentos no Galaxy Express 999, a terra tornou-se um campo de batalha. Tetsuro, mais velho e lutando contra o povo máquina, reingressa Maetel a bordo do GE999.
A terceira produção de Satoshi Kon, um dos mais interessantes diretores de anime da atualidade. Hana uma ex drag queen, Gin um antigo ciclista alcoólatra e Miyuki, uma adolescente fugitiva são três sem-teto que em sua tumultuada existência encontram um bebê abandonado no dia de natal. Os três resolvem então peregrinar em busca da solução do mistério e encontrar os pais da criança antes da chegada do ano novo. Durante a busca, deparam-se com fatos ocultos sobre o passado que são forçados à confrontar, ao mesmo tempo que aprendem a enfrentar o futuro juntos.
Em um futuro próximo, o Dr. Tokita inventa um poderoso aparelho chamado DC Mini, que torna possível o acesso aos sonhos das pessoas. Sua colega, a Dra. Chiba, psicoterapeuta e pesquisadora de ponta, desenvolve um tratamento psiquiátrico revolucionário a partir do aparelho. Mas, antes de seu uso ser sancionado pelo governo, o DC Mini é roubado. Então eles mergulham no mundo do inconsciente para descobrir quem está por trás do crime.