Ano 2009: A raça humana está em meio a uma guerra de três vias com a raças humanóides alienígenas gigantes chamadas Zentraedi (masculino) e Meltrandi (feminino). Após executar uma dobra espacial que enviou ele e parte do Sul da Ilha de Atalia à borda do Sistema Solar, a fortaleza espacial Macross está em seu caminho de volta à Terra. Durante uma batalha contra as forças Zentraedi, o jovem piloto Hikaru Ichijo resgata a cantora Lynn Minmay e sua relação se desenvolve quando ficam presos em algum lugar da nave. Mas, logo depois de finalmente retornar à Macross City, Minmay é capturada pelos Zentraedi. Hikaru e a oficial Misa Hayase acabam de volta ao planeta Terra (apenas para ver as consequências da destruição de sua civilização). Apenas uma canção descoberta há milhares de anos, juntamente com a voz de Minmay, pode determinar o resultado da guerra.
A vida não é fácil para Anne Shirley, uma órfã de 11 anos de idade, com uma vasta imaginação e pavio curto. Em uma reviravolta do destino, ela é levada para a casa dos Cuthbert em Avonlea. Os idosos Marilla e Matthew Cuthbert estavam procurando um menino para ajudar nos campos, mas eles ficam em choque quando percebem que Anne é uma menina.
Kuroba Kaito é um estudante de 17 anos que gosta de mágica por influência de seu pai, Kuroba Toichi, que foi morto misteriosamente. Oito anos depois da morte de seu pai, Kaito descobre uma sala secreta em sua casa que foi preparada pelo seu pai para abrir naquele dia. Encontrando as ferramentas e a fantasia do Kaitou Kid, o Ladrão Fantasma, na sala, Kaito veste o disfarce e vai atrás do Kid que havia reaparecido após oito anos de ausência. Kaito descobre que Kid é Jii Kounosuke, mordomo de seu pai, que revela que Toichi foi o primeiro Kid. Jii conta que ele usou o papel de Kid para atrair o assassino de Toichi. Depois de descobrir que seu pai foi assassinado, Kaito continua usando o disfarce do ladrão fantasma em busca do assassino de seu pai.
Em 1999 uma nave de origem extraterrestre cai em uma ilha do Pacífico Sul chamada South Ataria. Os países da Terra, que naquele momento estão envoltos em uma violenta Guerra Civil Global, entram em um acordo para formar um Governo da Terra Unida para organizar a defesa mundial frente a uma possível ataque extraterrestre. Este governo decide restaurar a nave extraterrestre, conhecida agora como SDF-1 (Super Dimension Fortress - 1) Macross, e colocá-la a serviço como nave integrante da frota terrestre.