Rintaro

No futuro, pode-se alcançar a imortalidade obtendo um corpo mecanizado. Órfão, o jovem Tetsuro pega uma carona no trem espacial Galaxy Express 999 na esperança de obter um corpo ciborgue para vingar a morte de sua mãe. Ao longo do caminho, ele conhece Matael, que é a imagem de sua mãe morta.

Dois anos após os acontecimentos no Galaxy Express 999, a terra tornou-se um campo de batalha. Tetsuro, mais velho e lutando contra o povo máquina, reingressa Maetel a bordo do GE999.

1999... É o ano predestinado e Kamui Shiro, um adolescente de 15 anos com fortes poderes psíquicos, retornou a Tóquio. Depois de 6 anos de ausência, ele espera reencontrar seus amigos de infância, Fuuma (seu melhor amigo) e Kotori, a irmã mais nova de Fuuma . Ele quer protegê-los de todos os perigos, mas o destino persegue Kamui e puxa a ele e a seus amados amigos de infância. É o destino dele decidir o destino final do mundo, quer ele queira ou não. Agora ele tem que decidir se vai se unir aos Sete Selos, se tornar um dos Dragões do Paraíso e salvar a raça humana ou se vai se unir aos Sete Anjos, se tornar um Dragão da Terra e destruir toda a raça humana para que a Terra possa se curar da destruição que os humanos causaram durante sua existência.

Metrópolis é uma grande cidade do futuro, onde convivem homens e robôs. A civilização atingiu um outro estágio e as sociedades estão absolutamente segmentadas. É neste cenário que o detetive Syunsaku Ban e seu parceiro Kenichi procuram pelo Dr. Laughton. A dupla quer não só prender o cientista, como também se apoderar de Tima, a jovem robô criada por ele.