Após a aplicação de uma nova lei de Proteção da Juventude, os menores de idade estão proibidos de circular nas ruas à noite e o uso da Internet é regulada pelo governo. No entanto, os jovens continuam a lutar por sua liberdade através de métodos clandestinos. Um grupo chamado Sirrut, declarou guerra à Fumito Nanahara, um homem que possui grande influência política e econômica. Então, o grupo se utiliza da melhor arma que possuem: a Internet. E enquanto procura por mais informações sobre o inimigo, eles se deparam com uma série de lendas urbanas referentes à existência da "Torre", uma organização secreta, onde aparentemente Fumito faz parte. Os boatos que correm são sobre a realização de experiências envolvendo seres humanos. Determinados a expor a verdade ao público, os membros do Sirrut começam a investigar.
Após a morte de seu pai, que deixou uma carta que nunca foi além de um cumprimento, Momo se esforça para lidar com sua dor e culpa, e se encontra distanciada de sua mãe. Quando elas se mudam para uma nova casa em uma ilha remota no Mar Interior de Seto, Momo faz amizade com um menino e sua irmã mais nova perceptiva, um carteiro tímido e três yōkais patifes. Com a ajuda deles, Momo se prepara para mergulhar em sua nova vida na ilha.
Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.