Kazuya Tsurumaki

Filme dividido em duas partes (Morte e Renascimento). Os eventos de "Renascimento" ocorrem 17 horas depois do final do Episódio 24. Tanto este filme, como o próximo (O Fim de Evangelion), caracterizam o "final alternativo" de Neon Genesis Evangelion. Os episódios 25 e 26, portanto, NÃO fazem parte deste enredo, onde a primeira parte é uma reedição dos primeiros 24 episódios do anime. A segunda parte consiste em uma nova animação e história que segue após o Episódio 24.

Tokyo-3 permanece em pé após a maior parte da civilização ter sido dizimada no Segundo Impacto. Agora, a cidade sofre o ataque incessante dos estranhos e mortais Anjos, criaturas bizarras empenhadas em exterminar a raça humana. Para combater esse cruel inimigo, a agência governamental NERV constrói uma frota de máquinas humanóides (os EVAs) e Shinji Ikari é chamado para entrar em ação! Vivendo uma vida de solidão e questionando sua própria existência, Shinji se esforça para aceitar a responsabilidade para a batalha pela sobrevivência da humanidade.

Continuando de onde o último filme ("Evangelion 1.11: Você (Não) Está Só") parou, o filme começa com uma nova criança, Mari Illustrious Makinami, que pilota a Unidade 05 para destruir o Terceiro Anjo que ataca a base ártica da NERV.

Quatorze anos se passaram desde o Terceiro Impacto. Shinji Ikari é resgatado da Unidade 01 e descobre que as coisas mudaram, mas não para melhor: O mundo foi devastado, seus antigos aliados da NERV tornaram-se hostis em relação a ele e Rei Ayanami, a menina que ele arriscou tudo para salvar, está longe de ser encontrada. Enquanto ele tenta se adaptar a esse estranho e novo mundo, Shinji faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa. Juntos na busca de Rei, os dois aprendem as terríveis verdades por trás dos Anjos, da NERV e dos Evangelions. Mas um raio de esperança permanece para os dois garotos: Uma oportunidade única para desfazer os erros do passado. Agora, os restos da humanidade estão atrás deles, os Anjos se apressam para detê-los e seus velhos amigos os declararam inimigos públicos número um. Apenas com Kaworu para apoiá-lo e todo o mundo contra ele, Shinji agora deve lutar por sua única chance de redenção. Mas isso pode significar terminar o que ele começou: O fim do mundo!

No rescaldo do Quarto Impacto, presos sem seus Evangelions, Shinji, Asuka e Rei procuram refúgio nos desolados restos vermelhos de Tokyo-3. Mas o perigo para o mundo está longe de acabar. Um novo impacto está surgindo no horizonte - aquele que provará ser o verdadeiro fim de Evangelion.