Daiki Nakamura

No ano 2387, o planeta Maris é considerado uma Segunda Terra, onde há uma grande colônia de seres humanos. Neste ano Maris é invadida pelo império Noza, que inicia um violento ataque aos habitantes do planeta. O objetivo dos Nozas é usar o planeta para perpetuar a espécie, antes que a última geração pereça. Mas a situação começa a mudar quando são encontradas três pistolas com alto poder de fogo, que recebem o nome Zillion. É formada uma equipe especial com três agentes de elite que terão a missão de enfrentar os Nozas (Champ, Apple e J.J.). O esquadrão, liderado pelo chefe Gordon, recebe o nome de White Knights. O império Noza era comandado pela Rainha Adamis e pelo Barão Ricks.

A trama se passa no ano de 15AW, depois da Sétima Guerra Espacial que resultou na morte de 99% da população terrestre. O garoto órfão Garrod Ran, de 15 anos, sobrevive vendendo peças de Mobile Suits. Um dia ele é contratado por um misterioso homem para resgatar uma garota, chamada Tiffa Adill, de um grupo de piratas conhecidos como "Vulture". Durante a jornada, ele encontra numa base abandonada da Federação Terrestre o GX-9900 Gundam X.

No futuro, a água cobriu grande parte da Terra, devido aos efeitos do aquecimento global, e a raça humana passou a viver em cidades flutuantes. A órfã Maia Mizuki, 15 anos, recém-formada do ensino médio, candidatou-se para o emprego na elite Ocean Agency, parte do governo do mundo futurista. Apenas os melhores, mais inteligentes, e fisicamente aptos alunos são escolhidos para a admissão. Mas o seu ideal de vida rapidamente se desfaz. Para sua decepção, Maia inesperadamente fracassa nos exames de admissão, apesar de suas altas notas. Para piorar as coisas, ela é despejada de sua casa, sua carteira é roubada, é tomado como refém, e baleada. É "salva" por duas mulheres (Rena e Shizuka) que fazem parte de uma organização de auxílio aos desempregados não ortodoxa chamada Nereidas (inspirada nas Nereidas da mitologia grega). Sem nenhum lugar para ir, Maia junta-se à Nereidas. Fica encarregada desde capturar criminosos procurados, até recolher gatos abandonados, muitas vezes com resultados inesperados. A palavra Daphne do título, refere-se às últimas palavras da avó de Mia. Brilliant Blue, refere-se ao fato de que este é um mundo coberto por água, com quase nenhuma terra. O mundo é constituído por vastos oceanos, algumas ilhas e cidades flutuantes.

Nos últimos 20 anos o professor Hongo investigou secretamente e descobriu que no Castelo Wolf (Wolfgang, no original), situado na Alemanha, reuniam-se grupos misteriosos de cientistas de diversas partes do mundo. Tais cientistas, considerados perversos, se concentram no Império da Ciência Maligna Desdark (originalmente Deathdark), liderado pelo chefe Taboo, que é um exército que semeia a destruição e a discórdia no universo através de sua Ciência Maligna.