Tokyo Sonata é o retrato de uma família japonesa aparentemente normal. O pai que bruscamente perde seu trabalho esconde a verdade de toda família; o filho mais velho que quase não pára em casa quer se alistar no exército de outro país; o mais novo, começa a fazer aulas de piano escondido dos pais, e a mãe, que sabe que seu papel é manter a família unida, não encontra suficiente vontade para isso. De alguma maneira, um profundo abismo aparece dentro da família, e se estende rápido e silenciosamente para desintegrá-los.
No último dia de aula a professora ao se despedir revela que abandonará a profissão, e o motivo é a morte de sua filha de 4 anos há pouco tempo atrás. Ela revela que sabe que o afogamento da menina não foi acidental; foi assassinada, e os assassinos estão entre os estudantes daquela classe. Como a lei não permite a responsabilização de crianças menores de 14 anos por seus crimes ela anuncia que fará justiça com as próprias mãos.