Alguns dias após comemorar seu aniversário em uma festa oferecida pelo professor Teiji Moriya, Conan recebe um telefonema anônimo e é desafiado a encontrar diversas bombas espalhadas em Tóquio. Em sua frenética busca, ele descobre que o terrorista lunático é, na verdade, o professor. Teiji Moriya foi um famoso arquiteto, mas que decidiu destruir suas próprias criações porque não consegue aceitar defeitos em sua obra. Sem saber de nada, Ran, uma amiga que tinha convidado Conan para sair, aguarda por ele no cinema quando uma explosão a aprisiona dentro do prédio. Além do caminho até Ran estar bloqueado, há outra bomba prestes a explodir fora do alcance de Conan. A única esperança é que ele consiga orientar a garota para desativar o artefato. O último fio a ser cortado será decidido por ela: vermelho ou azul? Segundo seu horóscopo, azul é cor do dia, mas vermelho sempre lhe trouxe sorte… E agora, será que Ran fará a escolha certa?
Recentemente, uma série de ataques está ocorrendo contra diversas pessoas sem aparente conexão umas com as outras. Logo, Kogoro Mori descobre que ele é, de alguma forma, a chave para esses crimes. Assim, Conan deve mais uma vez usar seus poderes de dedução e dar um fim a essa loucura.
A cerimônia de abertura do novo edifício das Torres Gêmeas na cidade de Nishitamashi está prestes a acontecer. Com 75 andares, as torres parecem chegar aos céus quando vistas de baixo. Conan e os outros veem as torres a caminho de um acampamento e decidem parar. Eles logo se encontram com Ran, Sonoko e Kogorou, coincidentemente.
Um franco-atirador tem como objetivo ou Shuichi Akai e atira Masumi Sera. O pânico nasce nos cidadãos de Tóquio porque ninguém sabe nada sobe o atirador misterioso.. Por que foi Masumi o alvo? Vai Shuichi sobreviver? Vai ser Conan capaz de descobrir o culpado?
O detetive Conan viaja até Cingapura para investigar um horrível assassinato ligado a uma lendária pedra conhecida como o "Punho da Safira Azul" e para impedir Kaito Kid de colocar suas mãos na cobiçada joia.
Marmalade Boy conta o dia-a-dia de Miki Koishikawa, uma menina muito energética e simpática. A história começa com os pais de Miki anunciando seu divórcio, com um sorriso, e dizendo que pretendem trocar de casais e casar-se novamente com os Matsuura, um casal que conheceram no Havaí. Para completar, os Matsuura possuem um filho da mesma idade de Miki, Yuu, que é muito bonito e popular. E os seis irão morar na mesma casa, para desespero de Miki. Ginta, um amigo de Miki, e antigo amor, sente-se muito enciumado com a chegada de You, e acaba se tornando um triângulo amoroso. Miki fica muito confusa, e sempre desabafa com sua melhor amiga, Meiko, que é bastante madura. Muitos outros personagens importantes irão aparecer no decorrer da história, que é cheia de triângulos amorosos, mas todos acabam se tornando grandes amigos. É uma história sobre romance, confusões adolescentes e problemas familiares.
Claus e Lavie trabalham como mensageiros e para isso usam uma Vanship que outrora fora de seus pais. Um acontecimento leva-os a conhecerem Aru, uma menina misteriosa que tem de ser tranpostada em segurança para a temida nave de guerra Silvanna. Essa é uma missão rank 7 Estrelas, um nível altissímo nunca visto por eles antes. Mesmo relutantes, são, praticamente, forçados a aceitarem a missão e levarem ela. Aru parece estar ligada ao LAST EXILE e atrás dele estão... todos. Claus e Lavie agora se encontram num mundo que nunca pensaram alcançar e também em acontecimentos que jamais sonhariam.
Shinichi Kudo é um estudante que atua como detetive, renomado por ser capaz de resolver os crimes mais difíceis com sua sagacidade e poder de dedução. Certo dia, ele decide seguir dois homens suspeitos, vestidos de preto. Após testemunhá-los cometendo um crime, ele é pego de surpresa e, desacordado, forçado a tomar um misterioso líquido. Ao acordar, ele se vê no corpo de uma criança. Shinichi assume a identidade de Conan Edogawa e passa a viver como uma criança comum enquanto tenta desvendar o mistério de seu encolhimento. Seu corpo encolheu, mas sua mente continua a mesma! A verdade é uma só!