Um meteoro gelado vaga de maneira ameaçadora acima da Terra. A rainha da neve envia cristais ao planeta, instrumentos importantes para seu plano de congelar o planeta e destruir toda a vida. Entrretanto, um cristal foi encontrado por um inocente astrônomo, cuja vida agora se encontra em perigo. Podem as sailors ajudar o astrônomo e derrotar a rainha da neve antes que seja demasiado tarde?
Em todo o mundo, as crianças dormem. Sem saber do perigo que espreita nas sombras. Mas esta noite, uma escuridão estranha flutua ao vento. E as crianças, uma por uma, começam a desaparecer. Parece ser uma força sobrenatural que se alimenta de seus sonhos. A rainha má, Badiyanu, fadas e seu fiel auxiliar na utilização do "Black Dream Hole" engolir a Terra. Cabe a Sailor Moon e Sailor soldados para evitar a escuridão que se aproxima.
Tudo começa quando um digiovo surge na tela do computador de Tai. O ovo é transportado para fora do pc e vira o xodó da Kari antes mesmo de chocar. Depois de alguns contratempos o bebê Botamon nasce e passa a ser como “filho” de Tai e Kari. Passando pelo estágio de Koromon (começando a falar e sendo mais brincalhão) ele se transforma em um gigante Agumon descontrolado.
A história começa quando um novo DigiTama é encontrado na internet, e consegue penetrar em quase todos os sistemas de computador no Japão. Quando o ovo choca, é identificado como uma nova espécie de Digimon, um tipo de vírus. Sustenta-se pela ingestão de dados de diversos sistemas, e conforme consome mais e mais dados, ele continua a evoluir. Nesse momento, Taichi e Koushiro decidem que é hora de dar um jeito na situação.
Anos após um garoto na América ter perdido um de seus amigos Digimon, um Digimon Viral sequestra as originais Crianças Escolhidas. Seus amigos têm de correr contra o tempo com os seus parceiros Digimon para descobrir a origem dessa nova ameaça, e ainda há mais um mistério rondando essa história.
Após os acontecimentos de Digimon Adventure 02, tudo está finalmente voltando ao normal. Até que um ícone estranhamente familiar começa a mostrar-se em sistemas de computadores ao redor do Japão. E não apenas os sistemas de computador ... TVs, celulares, jogos de vídeo; qualquer coisa com uma tela com recursos on-line. E este ícone parece estar procurando por alguém ... Yagami Taichi, e Ishida Yamato, que o derrotou vários anos antes. Então percebe-se que este digimon é, de fato Diablomon, o tipo de vírus Digimon que foi derrotado em "Bokura no War Game". Mas desta vez, ele aprendeu a tornar-se físico, e está enviando milhares de cópias de si mesmo para o mundo real.
Usagi Tsukino é uma garota chorona, fraca nos estudos e preguiçosa. Mas seu jeito gentil, alegre e animado é inigualável, assim como sua paixão por dormir e comer. Um dia, o destino dessa garota comum se transforma ao encontrar Luna, uma gata preta com sinal de lua crescente na testa e a habilidade de falar como os humanos.
A gata mensageira da Lua diz que Usagi é uma Guerreira Sailor escolhida e que tem a missão de lutar contra seres malignos, procurar as outras guerreiras aliadas e encontrar a Princesa da Lua. Ao perceber os movimentos de Luna, Queen Beryl, a rainha do Reino da Escuridão, ordena que seus subordinados impeçam as Guerreiras.
Ano 2012, o mundo foi destruído, a exceção de Tokyo, ao menos foi isso que Kamina Ayato aprendeu na escola. Quando Tokyo é atacada, Ayato consegue escapar e meio a batalha com uma "arma" muito especial o RahXephon. O que ele descobre no mundo além da sua cidade é que tudo o que ele pensava ser verdade, não passava de uma ilusão. Não apenas o resto do mundo sobreviveu, como também estão em guerra contra Tokyo. Agora, Ayato luta para decifrar os mistérios da sua origem, e da própria existência do Rahxephon.
Fushigi Yuugi conta a história de Miaka Yuki, uma estudante que está prestes a fazer um teste de admissão no colégio. Um dia ela resolve estudar na biblioteca do colégio junto com a sua melhor amiga Yui. Quando Miaka resolve comprar um sumo numa máquina, ela avista uma ave vermelha muito estranha, e resolve segui-la. A ave entra em uma sala com um aviso: "Sala de Referências de Documentos Importantes - Proibida a entrada de pessoas não autorizadas". Assim que entra na sala, Yui a encontra e Miaka resolve contar-lhe sobre a ave que ela havia seguido. Nesse momento um livro cai e assim que Yui começa a lê-lo, ambas são transportadas para dentro do livro, que tinha como ambiente a China Antiga, onde a nossa história se passa.
Há dez anos atrás, um grupo de cientistas realizou experiências no túmulo de Gilgamesh no “Heaven's Gate”. As pesquisas do Heaven's Gate foram abruptamente interrompidas, um terrorista se chamando Enkidu iniciou um incidente chamado Twin X que transformou o céu da Terra em um enorme espelho chamado Sheltering Sky. No presente, dois irmãos são perseguidos por Yakuzas. Resgatados pelos membros da equipe de Gilgamesh até que três crianças surgem e levam eles para um motel. Lá conhecem a condessa Werdenberg. Eles descobrem que a equipe de Gilgamesh e as crianças, possuem um poder psíquico chamado Dynamis. Uma vez que eles estão presos entre os dois lados, serão forçados a escolher em que lado acreditar.
Sete crianças estão num acampamento de verão quando, inesperadamente, uns estranhos aparelhos caem do céu – os digivices (digital devices ou dispositivos digitais) e elas são transportadas para o Mundo Digital (Digimundo), mais propriamente para uma ilha conhecida como Ilha Arquivo. Cada uma das crianças conhece um digimon que se torna seu companheiro. Para tentarem regressar a casa, as crianças percebem que existem digimons bons e digimons maus. Eles iniciam uma luta contra os inimigos que pretendem dominar o Mundo Digital com a força da Escuridão, contando com a ajuda dos seus digimons que, com o passar do tempo, se tornam mais poderosos e conseguem se converter em criaturas maiores e mais fortes.