Naruto e seus amigos conseguem afugentar os malvados Akatsuki, que misteriosamente retornaram dos mortos, mas logo uma estranha figura mascarada aparece diante dele.
A história começa numa aula de música quando, durante o ensaio do coral para o festival escolar, Hikaru Kusakabe percebe que o estudante de honra da escola, Rihito Sajō, não está cantando. De início, ele pensa que o estudante simplesmente não gosta de cantar, até encontrar Rihito ensaiando numa sala vazia na escola. Sem pensar duas vezes, Kusakabe decide ajudar o colega a ensaiar o canto.
Naruto Shippuden ocorre 2 anos e meio após Naruto ter ficado para treinar com Jiraiya. Após seu retorno, Naruto descobre que seus amigos shinobi's o superaram na classificação, e ele caiu para trás. No entanto, com apenas 6 meses para resgatar Sasuke, Naruto tem de enfrentar inimigos ainda mais perigosos. O plano da Akatsuki se revela lentamente e os perigos surgem mais do que nunca!
O estudante universitário Shinichi Sakurai se sente confortável sendo um solitário introvertido e não se importa com o que os outros pensam. A estudante vívida Hana Uzaki não entende isso nem um pouco. Um tornado de alegria, ela decidiu torná-lo mais social. Começando a gostar da companhia dela, ele admitiu que eles são amigos. É possível se divertir tanto com outra pessoa quanto ele se divertiria sozinho?
Bucky é um garoto normal que tem o desejo de torna-se o "Soberano do Mundo", onde todos seriam seus escravos e ele seria seu governante. Um dia ele se depara com um monstro encrenqueiro, pensa em chamar a Grande Criança de Prisma (O 1º Mundo, onde ele vive) para ajudá-lo, mas ao decidir querer ser o Soberano do Mundo, não pode depender da Grande Criança de nenhum dos doze mundos e parte para atacar o monstro sozinho, mas é derrotado. É aí que aparece Spark, a Grande Criança de Prisma, que derrota o monstro. Spark pergunta para Bucky porque ele não o chamou para ajudá-lo e Bucky explicou sobre seu sonho. Spark, que já parecia muito grande para ser uma Grande Criança, entrega seu espírito para Bucky e diz que ele é seu sucessor e ele é a nova Grande Criança de Prisma.
Shuichi Shindou é um vocalista que sonha em ser conhecido no mundo inteiro. Junto de seu melhor amigo, Hiro Nakano, ele monta uma banda chamada "Bad Luck" que também conta com a presença de Suguro Fukisaki, responsável pelos arranjos. Certa noite, Shuichi trabalhava nas letras das músicas, mas estas foram levadas pelo vento, até parar nas mãos de um estranho. Ele é Yuki Eiri, um famoso novelista que critica duramente o trabalho de Shuichi, classificando-o como "obras do primário". Indignado com a falta de educação de Yuri, Shuichi está determinado a encontra-lo e tirar a limpo tudo isso. Quando finalmente ele o encontra, após uma série de problemas e outros infortúnios, ele descobre que está apaixonado por ele... Mas nem tudo acaba ai, o destino colocará a prova o amor dos dois, através de obstáculos.
Desde o começo dos tempos, a humanidade tem sido ameaçada pelo desastre chamado Noise. Quando ele ocorre, pessoas morrem, e não há contra-medidas. Com excessão de uma: o super secreto Sistema Symphogear, capaz de eliminar Noise, foi implantado no Japão. Sem conhecimento do público em geral, duas meninas empunhando os Symphogears lutam implacavelmente para proteger a sociedade da devastação do Noise. Seria uma surpresa ainda maior para as pessoas saber que suas protetoras são ninguém mais que a dupla cantora de sucesso Zwei Wing, Amou Kanade e Kazanari Tsubasa. Tachibana Hibiki e Kohinata Miku são duas garotas normais que apenas estão na Academia Privada de Música Lydian. Lá, elas encontram Kanade e Tsubasa e se tornam envolvidas na luta contra o Noise.
Kaiji Itou é um vagabundo inútil que passa os dias bebendo cerveja e roubando calotas - isto é, até que acaba sendo enganado por seu ex-colega de trabalho. Incapaz de pagar de repente a enorme dívida de seu amigo sozinho, Kaiji recebe uma oferta duvidosa para participar de uma aposta clandestina ilegal em um navio de cruzeiro. Isso acaba sendo nada mais do que o começo de sua nova vida no inferno - jogado de cabeça em uma montanha-russa de jogos mentais, trapaças e engano com risco de vida.